Výsledný dopad na konkurenceschopnost firem a ekonomický růst je nicméně v řadě případů z hlediska empirie diskutabilní. Je to dáno do značné míry nejen použitými metodami a daty, ale také stavem daného prostředí a nástroji, které byly na podporu výzkumných a rozvojových aktivit použity. Analýzy by zároveň měly především odpovědět na otázku, jaký efekt měla podpora výzkumných a rozvojových aktivit na zaměstnanost, ekonomický růst a konkurenceschopnost spíše než na to, kolik prostředků bylo díky veřejné intervenci vynaloženo ze strany soukromého sektoru nebo kolik bylo uplatněno patentů, užitných vzorů, publikací apod. (jde o stávající standardní pojetí inovací, které má závažné slabiny). I při vhodné volbě ukazatelů narážíme ovšem na problémy s jejich stanovením a výpovědní hodnotou odpovídajících měření.
Problematika stanovení relevantních ukazatelů efektivity a efektivnosti podpory spolu s analýzou nástrojů vhodných pro hodnocení specifické oblasti výzkumných a rozvojových aktivit je tak pro evaluaci podpory zcela zásadní.